中国人民解放军第29军的前身是华东野战军第11纵队。该纵队是由抗战争时期新四军苏中军区的部分部队发展而来的。
1945年11月，新四军苏中军区第1、第2军分区所属的第55第57、第59、第61、第63团组成第7纵队(司令员兼政治委员姬鹏飞，副司令员张藩、参谋长杜屏，政治部主任卢胜)，隶属于华中野战军。12月，参加高邮战役，攻克邵伯、郭村等地，歼日伪军一部。1946年5月，第57、第61团调出。6月，第7纵队兼苏中军区(司令员管文蔚，政治委员姬鹏飞，副司令员戴心宽，副司令员兼参谋长胡炳云)，下辖第31旅(由第55、第59、第63团组成)和第1、第2、第9军分区。7月至12月，先后参加苏中战役和东台防御战、盐城保卫战。
1947年1月下旬，山东、华中野战军改编为华东野战军，第7纵队改称华东野战军第11纵队(仍兼苏中军区)，下辖第31旅和第32旅(由纵队特务团和第12纵队之第87、第89团组建)。8月，参加盐城战役，配合兄弟部队攻克盐城、阜宁等城镇，歼国民党军8700余人。11月，纵队免兼苏中军区并改归刚组建的华中指挥部指挥，与兄弟部队一起，克李堡、拼茶等据点。12月下旬，参加盐南战役，在兄弟部队协同下，于盐城以南之伍佑歼国民党7000余人。
1948年3月，第11纵队转隶苏北兵团建制。4月，以第2军分’区第4团、第9军分区第7团和第1军分区特务团组成第33旅。6月下旬，参加涟水战役，协同兄弟部队攻克涟水，歼国民党军3000余人。是年冬，参加淮海战役，先与兄弟部队一起突击徐州以东运河车站，保证主力围歼黄伯韬兵团，随后在徐州以南进行追击和堵击，参加会歼杜聿明集团的作战。
1949年2月，根据中央军委关于统一全军编制和部队番号的命令，第11纵队改称中国人民解放军第29军(军长胡炳云，政治部委员张藩，副军长段焕竞，参谋长梁灵光，政治部主任惠浴宇)，隶属第三野战军第10兵团。所属第31、第32、第33旅依次改称第85、第86、第87师。全军共3．3万余人。
1949年4月，参加渡江战役，切断宁(南京)沪铁路，阻击国民党军东逃。5月，参加上海战役，攻占浏河、月浦、宝山等城镇，配合兄弟部队解放吴淞。7月，进军福建。8月，参加福州战役，连克永泰、福清、长乐，切断国民党军南逃退路。9月至10月，参加漳厦等战役，攻占马港、集美、澳头，配合兄弟部队解放厦门。10月，一部参加金门战斗，因渡海作战准备不足失利。
1950年11月18日，第29军军部改编为军委铁道公安司令部。第85、第87师调归福建军区建制，第86师调归军委空军。
