新四军皖南部队活动地区，东起芜湖、宣城，西至青阳，是一个横宽百余公里、纵深约五六十公里的狭长地带，且面对强敌，背有国民党顽固派的重兵监视、封锁，处境十分险恶。为使皖南部队摆脱险境，中共中央自1940年10月起，多次令其尽早由无为以东北渡长江进入皖东，或经苏南渡江北上。并指出“向南深入黄山山脉游击，无论在政治上、军事上是最不利的。”但作为新四军主要领导人项英以“军部北移困难”为由，主张继续留在皖南。
11月24日，中共中央鉴于国民党顽固派已抽调兵力，进行围歼新四军军部的部署，遂电令新四军皖南部队务必“于十二月底全部开动完毕”。此后，项英虽派出部队侦察了经铜陵、繁昌之间北渡长江的渡江路线，筹集了渡江船只，并将部分物资和1000余机关人员向苏南转移，但未及时组织部队行动，以致贻误了时机。
蒋介石在其一切准备就绪之后，遂于12月10日，密令第三战区顾祝同部，对新四军皖南部队“按照前定计划”，“立即将其解决”；并故意泄露皖南部队北移路线，暗示日军加强沿江封锁兵力；同时令皖中李品仙部于江北无为地区加强布防，企图与日军相互配合夹击新四军皖南部队。12月下旬，顾祝同根据蒋介石的命令，调集了7个师8万余人兵力，任命第三十二集团军总司令上宫云相为前敌总指挥，采取“逐步构筑碉堡，稳进稳打”的方针，歼灭新四军皖南部队。29日，上官云相于安徽宁国召开作战会议，确定进攻部署：以其第五十二、第一○八师为右翼军，展开于南陵、泾县、水济桥、丁家渡之线，向戴家会、三里店、汀潭进攻，尔后向繁昌方面追击；以第四十、第一四四师、新编第七师为左翼军，展开于湾滩、茂林、苏口、包村、乔木湾、钱家桥、丫山镇之线，向云岭、何湾、沙土角进攻，尔后与右翼军协同向长江南岸的旧县、荻港、坝埂头方面追击。企图首先对新四军皖南部队构成东南西三面包围，尔后向北推进，将我军压缩至长江边上，相机歼灭之。同时，以第七十九师于太平、石埭之间，以第六十二师于榔桥、三溪镇之间，占领阵地，阻止我军南进；以第八十八军、忠义救国军和第二游击区部队于苏皖边郎溪地区，切断苏南与皖南的联系，阻止我军东进。并限定以上各部于12月31日前秘密完成作战准备。此后，顽军又部分调整了上述部署。
这时，新四军皖南部队北渡长江或转移至苏南的困难虽然增加，但转移的条件还是具备的。首先，敌顽之间、顽军内部均存在矛盾，只要皖南部队突入敌占区，顽军即不敢深入；其次，沿江地区群众基础较好，并有江北、苏南的新四军部队接应；再次，皖南部队指战员同仇敌忾，具有克服一切困难的顽强斗争精神。但是项英自12月中旬起数次向中共中央请示“行动方针”。26日，中共中央复电对他作了严厉批评，指出：“远在一年前即将方针给了你们，即向北发展，向敌后发展，你们却始终借故不执行”，“似此毫无定见，毫无方向，将来你们要吃大亏的。”此后，项英于28日召开新四军军分会会议，决定皖南部队以临战姿态，由云岭驻地先向东南行进，绕道茂林，经三溪、旌德、宁国、郎溪，沿天目山麓进至溧阳苏南根据地，尔后待机北渡。同时，进行了战斗编组：以第一团和新编第一团为第一纵队，以第三团和新编第三团为第二纵队，以第五团和军部特务团为第三纵队，军直机关随第二纵队行动。1941年1月1日，项英将转移苏南的决心电告党中央，但对向苏南转移的具体路线，未加说明。3日，中央复电同意立即向苏南转移。
4日晚，新四军皖南部队由云岭分三路出发，因连日大雨，道路泥泞，河水猛涨，部队行动迟缓，至5日15时各纵队才先后到达大康王、凤村、茂林、潘村、铜山等地。由于部队疲劳，遂停止前进，就地休息。顽军乘机紧缩包围圈。6日下午，我警戒部队在大蔴岭、丕岭与顽军小部队遭遇。我将其击溃。黄昏，我各纵队按原定计划分三路继续向旌德方向前进，拟于星潭会合。7日，我先头部队在星潭附近遭到顽军拦击，遂组织两个营对星潭展开攻击。这时，项英于百户坑召集会议讨论部队行动方向，合议对攻下星潭后能否向苏南转移，认识不一致，争论达7小时之久，至晚12时，始决定部队改向西南方向行动，经廉岭和高岭转向太平，待机再向苏南转移。这一决心打乱了原定的行动计划，增加了突围的困难。8日，当我军向西南方向行动时，又遭顽军第七十九师阻击，不能前进。遂又决定改向西北茂林方向突围。这时，顽军第四十、第一四四师加紧向我左右两翼进攻，云岭、茂林等地也被顽军新编第七师、第一四四师占领。我军退路已被切断，处境更加险恶。8日晚，当我军进到茂林东南五公里的高坦村时，又遭顽军第一四四师猛攻。此时，叶挺指挥部队进行顽强抵抗，经一日激战，终将顽军击退。尔后，我军转至茂林以东五公里的石井坑，正当整顿队伍、准备继续突围时，又遭顽军第四十、第五十二、第一○八、第一四四师等部的围攻。我军宁死不屈，浴血苦战。
11日，中共中央军委电令叶挺、饶漱石（中共中央东南局副书记）全权指挥，坚决率部突围；同时电告周恩来在重庆向国民党当局提出严重抗议，坚决要求其在皖南停止进攻，撤围让路。蒋介石一面口头答应下令查处，一面却督令顾祝同加紧围攻，务期“一网打尽，生擒叶项”。皖南部队在叶挺指挥下，不畏艰险，不怕牺牲，继续与顽军作殊死搏斗，多次打退顽军的进攻，充分表现出宁死不屈的英雄气概。但终因寡不敌众，弹尽粮绝，至14日，除2000余人突围外，其余6000余人大部壮烈牺牲，一部被俘。项英、周子昆遇害，袁国平牺牲。叶挺根据中共中央关于注意与当面顽军谈判撤围让路的指示精神和组织上的决定，亲赴顽方谈判时被扣。这就是蒋介石蓄意制造的、亲痛仇快、震惊中外的皖南事变。
1月17日，蒋介石竟反诬新四军“叛变”，宣布撤销新四军番号，并声称要将军长叶挺交“军法审判”。至此，第二次反共高潮达到了顶点。
