“不能给后任‘甩包袱’，不能让问题‘长胡子’。”贯彻落实科学发展观，就不能回避“老大难”，既要全力解决本届班子存在的问题，又要全力解决好历史遗留问题，在不断查找、解决问题中求和谐、求发展，是南京总医院党委“一班人”的共识。在强化党员事业心责任感教育中，院党委组织全院党员干部查找与科学发展观不相适应的问题，先后查找出干部住房欠账多、人才活力难激发、经济效益增长与服务品质打造难统一等18个方面44个具体问题。对于查找出来的问题，他们明确解决的时限、标准和责任人，做到谁的责任谁来担，板子打到具体人。“住房难”是干部反映最强烈的问题，也是历史遗留问题。党委“一班人”主动协调，使地皮审批、规划协调、占房清退、动迁安置等工作顺利进行。
近年来，高水平人才难引进的问题比较突出，院党委坚持走以自我培养为主的路子，加大科研经费投入，加快设备更新，加强课题申报，为医务人员早日成才、多出成果提供良好的条件；同时,借助博士后工作站和地方大学、科研院所广泛“借智”，吸引、培养和保留高层次人才，使人才队伍生机勃发。
为建立解决问题的长效机制，该院出台了《医院领导机关问责制》、《医院党委查找、解决问题定期通报制度》，对各级党组织在解决问题中应承担的责任作出明确规定。
